Depois de muita espera, devido aos atrasos da continuação de Half-Life 2, finalmente Episode One foi lançado. Desde seu início, os produtores tiveram dúvidas enquanto ao personagem principal do jogo. Eles optaram por Dog e até Alyx Vance, mais no fim, continuou sendo Gordon Freeman. Lembrando que o jogo não é uma expansão, é um DVD-Rom como qualquer outro.. embora um pouco curto. (São 6 capítulos, apenas).
Gordon e Alyx estão nos fundos de Citadel tentando sair de lá, sem saber ao certo como sobreviveram, os dois recebem uma mensagem do Doutor Eli e o Doutor Isaac dizendo que o reator da Cidatel entrou em colapso e explodirá em algumas horas e que a única chance de Alyx e Gordon de sobrevivência seria entrar de novo na Cidatel, ir a sala do reator e achar alguma forma de atrasar a fusão do núcleo. Depois que eles saírem, precisam chegar até a superfície da cidade, pegar um atalho pelo Hospital e chegar até a estação de trem de City 17, para pegar o trem e fugir com os cidadãos/rebeldes antes que Citadel exploda.