Anos se passaram e a Valve Software surpreende o mundo com a sequência da história de Gordon Freeman: Half-Life 2. Trazendo gráficos em versão Source Engine, aclamado pela crítica, foi incluído no pacote Orange Box que ganhou mais de 100 prêmios pelo mundo: 50 de 'melhor jogo do ano' e mais 50 de outros prêmios (melhores gráficos; melhor jogabilidade, etc).
Depois de Freeman ter aniquilado Nihilanth localizado planeta Xen no final de Half-Life (1998), G-Man fica surpreso e oferece uma proposta: Ou trabalha para o misterioso personagem, ou a morte. Obviamente, Gordon escolhe a primeira opção. G-Man prende Gordon no espaço/tempo durante cerca de 20 anos. Anos se passaram, e Gordon não envelheceu. Ele acorda em um trem a caminho de City 17. Surpreso, descobre que o antigo administrador do complexo de pesquisas Black Mesa, é atualmente o governador e representante dos humanos perante os Combine, raça alienígena responsável pela escravidão e controle dos habitantes da Terra.