É a segunda parte de uma trilogia de expansões para o jogo de tiro em primeira pessoa da Valve software para PC, lançada em Outubro de 2007.
De volta às arriscadas investidas de Gordon e Alyx para salvar o mundo, o jogo começa aonde Episode One encerrou, em um trem em direção a White Forest, aonde se localiza a base da resistência humana. Após a explosão do reator do portal dos Combine, o planeta enfrenta a devastação de tempestades dos portais e a City 17 está destruída e inabitável. Agora Alyx tem em mãos um disco com várias informações retiradas a base de City 17, entre elas está o código de acesso aos portais do Combine, uma chance única de conte-los, iniciando uma viágem frenética até a base rebelde no White Forest, onde Dr. Magnusson (aparece pela primeira vez no jogo) e Dr. Kleiner estão preparando um foguete que levará o satélite até o espaço, para fechar de vez os portais.Mas os Combines tentam impedi-los.
Porém existe um outro inimigo chamado Hunter, uma nova geração de robõs que coopera com os Combines (mas muito mais com os Striders).Nosso primeiro encontro com o Hunter é em uma pequena vila, ao Gordon abrir o portão, Alyx é atacada e Gordon fica preso pelos destroços da casa que caiu.Alyx desmaia e Gordon também.Ao Gordon acordar, vê que Alyx esta desmaida e um Antlion ameaça a ataca-la mas, um Vortigaunt (aliados dos humanos) impede e etc...